Kancelaria Prezesa Rady Ministrów, z upoważnienia Prezesa Rady Ministrów, kontroluje realizację zadań wskazanych przez Radę Ministrów i Prezesa Rady Ministrów oraz przedstawia wnioski z przeprowadzonych kontroli. Działalność tą Kancelaria Prezesa Rady Ministrów wykonuje w trybie rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 29 lipca 2003 r. w sprawie szczegółowych zasad i trybu przeprowadzania kontroli przez Kancelarię Prezesa Rady Ministrów.
Przeprowadzenie kontroli np. w ABW ma na celu ustalenie stanu faktycznego realizacji zadań wskazanych przez Radę Ministrów lub Prezesa Rady Ministrów w kontrolowanym zakresie, pod względem legalności, gospodarności, celowości i rzetelności, jego udokumentowanie, dokonanie oceny kontrolowanych zadań, wskazanie osób odpowiedzialnych za stwierdzone nieprawidłowości oraz sformułowanie wniosków i zaleceń pokontrolnych.