Prezes Rady Ministrów określa kierunki działania Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego w drodze wytycznych.
Szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego przedstawia Prezesowi Rady Ministrów:
- roczny plan działania na rok następny, najpóźniej na 3 miesiące przed końcem roku kalendarzowego,
- sprawozdania z działalności Agencji za poprzedni rok kalendarzowy, corocznie do dnia 31 stycznia.
Szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, przekazuje niezwłocznie Prezesowi Rady Ministrów informacje mogące mieć istotne znaczenie dla bezpieczeństwa i międzynarodowej pozycji Rzeczypospolitej Polskiej. Jeśli uzyskane informacje dotyczą spraw objętych zakresem działania właściwego ministra, Szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego przekazuje je temu ministrowi, chyba że Prezes Rady Ministrów zdecyduje inaczej.
Podjęcie współpracy z właściwymi organami i służbami innych państw może nastąpić po uzyskaniu zgody Prezesa Rady Ministrów.
W razie konieczności współpracy służb specjalnych w celu realizacji ustawowych zadań Prezes Rady Ministrów obowiązek koordynacji działań w tym zakresie powierza ministrowi powołanemu w celu koordynowania działań służb specjalnych albo Szefowi jednej ze służb.
Szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego jest powoływany i odwoływany przez Prezesa Rady Ministrów, po zasięgnięciu opinii Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, Kolegium oraz Sejmowej Komisji do Spraw Służb Specjalnych.