Działalność Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego (zgodnie ze zarządzeniem nr 73 Prezesa Rady Ministrów z dnia 26 czerwca 2002 r. w sprawie nadania statutu Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego - M.P. 2002 nr 26 poz. 432 wraz z późniejszymi zmianami) finansowana jest z budżetu państwa.
 
Koszty realizacji zadań Agencji, w zakresie których - ze względu na wyłączenie ich jawności - nie mogą być stosowane przepisy o finansach publicznych, rachunkowości i zamówieniach publicznych, są finansowane z utworzonego na ten cel funduszu operacyjnego.